Após a Segunda Guerra Mundial, as repúblicas membros da União Soviética alteraram suas bandeiras para trazer listras de cores nacionais. O Tajiquistão foi o último dos 15 a agir. As bandeiras tadjiques soviéticas anteriores eram vermelhas com o habitual emblema comunista, foice e martelo acima do nome do estado em letras douradas. Em 20 de março de 1953, o Tajiquistão acrescentou duas listras horizontais, brancas sobre verde-claro, à Bandeira Vermelha Soviética com seu martelo e foice de ouro e estrela vermelha com bordas douradas. O verde representava a viticultura e os produtos agrícolas, enquanto o branco representava o algodão que tornara o Tajiquistão famoso.
O Tajiquistão proclamou sua independência em 9 de setembro de 1991, mas novamente demorou a alterar sua bandeira. O novo design, datado de 24 de novembro de 1992, incorpora as mesmas quatro cores da bandeira de 1953. Diz-se agora que o verde representa a produção agrícola, enquanto o vermelho é um "símbolo da soberania do estado". Branco tem o mesmo significado de antes, referindo-se à cultura do algodão. A coroa no centro da faixa branca é coroada por um arco de sete estrelas douradas: estas representam a unidade entre as diferentes classes sociais do país, incluindo trabalhadores, camponeses e intelectuais.
