Cidade de Boerne v. Flores , caso em que a Suprema Corte dos Estados Unidos em 25 de junho de 1997, decidiu (6–3) que a Lei de Restauração da Liberdade Religiosa (RFRA) de 1993 excedeu os poderes do Congresso. Segundo o tribunal, embora o ato fosse constitucional em relação às ações federais, não poderia ser aplicado aos estados.
Em Boerne, Texas, a igreja católica local, um edifício tradicional de adobe, tornou-se muito pequena para sua congregação e, em 1993, Patrick F. Flores, arcebispo de San Antonio, solicitou uma licença para ampliar a igreja. O conselho municipal negou a permissão, citando uma lei destinada a preservar seu distrito histórico. Flores entrou com uma ação, alegando que a negação da autorização violava o RFRA, que afirma que "[g] governo não deve onerar substancialmente o exercício da religião de uma pessoa, mesmo que o ônus resulte de uma regra de aplicabilidade geral." O ato se aplica aos governos federal e estadual.
O RFRA surgiu três anos após a Divisão de Emprego, Departamento de Recursos Humanos de Oregon v. Smith(1990), no qual a Suprema Corte decidiu que um estado poderia negar benefícios de desemprego a membros da Igreja Nativa Americana que foram demitidos de seus empregos porque ingeriram peiote para fins sacramentais; o tribunal explicou que as leis oficialmente neutras em relação à religião podem ser aplicadas pelo governo. Em resposta, o Congresso aprovou o RFRA, tornando mais difícil para os governos anular as liberdades religiosas. Ao estender a lei aos governos estaduais, o Congresso confiou na Seção 5 da Décima Quarta Emenda, que lhe deu o poder de fazer cumprir as disposições daquela emenda; a Décima Quarta Emenda exige o devido processo antes de privar qualquer pessoa da vida, liberdade ou propriedade e proteção igual perante a lei.
Em Flores , um tribunal distrital federal julgou Boerne, considerando que o RFRA era inconstitucional. O Tribunal de Apelações do Quinto Circuito, no entanto, reverteu ao considerar o ato constitucional.
O caso foi discutido perante a Suprema Corte em 19 de fevereiro de 1997. Ela considerou que o Congresso não tem liberdade de ação irrestrita para promulgar leis segundo a Seção 5 da Décima Quarta Emenda. O Congresso tem o poder apenas de fazer cumprir as disposições, sustentou o tribunal, mas não pode alterar o direito que está fazendo cumprir. Com efeito, o Congresso tem poder de reparação para prevenir abusos sob a Décima Quarta Emenda. Para ilustrar este ponto, o tribunal citou a Lei de Direitos de Voto de 1965. O tribunal manteve essa lei em vários casos, concluindo que o Congresso tinha o direito de decretar fortes "medidas corretivas e preventivas" para corrigir a "discriminação racial generalizada e persistente" em os Estados Unidos. No caso do RFRA, entretanto,o tribunal concluiu que a história legislativa da lei carecia de "exemplos de quaisquer instâncias de leis geralmente aplicáveis aprovadas por causa de preconceito religioso nos últimos 40 anos." Além disso, o tribunal considerou que o ato foi "tão desproporcional a um suposto objeto de reparação ou prevenção que não pode ser entendido como uma resposta a, ou destinada a prevenir, comportamento inconstitucional."
Além disso, o tribunal considerou que o RFRA era muito amplo e levaria à intrusão em todos os níveis de governo. O tribunal questionou como determinaria se a ação governamental sobrecarregava substancialmente a liberdade religiosa de uma pessoa. O tribunal concluiu que o RFRA era “uma intrusão considerável do Congresso nas prerrogativas tradicionais e na autoridade geral dos Estados” e, portanto, era inconstitucional quando aplicado aos Estados. A decisão do Quinto Circuito foi revertida.
