A independência montenegrina foi reconhecida em 1878, e naquele ano Montenegro adotou o tricolor vermelho-azul-branco horizontal da Sérvia (com o qual tinha vínculos frouxos) como bandeira de seu próprio estado. Suas cores pan-eslavas foram inspiradas na bandeira russa. Quando Montenegro adquiriu uma marinha, os símbolos do Príncipe (mais tarde Rei) Nicolau apareceram no design. Após a Primeira Guerra Mundial, o independente Montenegro, junto com vários outros países dos Balcãs, tornou-se parte do Reino dos Sérvios, Croatas e Eslovenos (mais tarde renomeado como Iugoslávia) e não tinha bandeira própria. A Iugoslávia foi dissolvida pelas potências do Eixo durante a Segunda Guerra Mundial; Montenegro, nominalmente independente, foi ocupado pela Itália e novamente voou com o tricolor vermelho-azul-branco de julho de 1941 a novembro de 1943.
A Iugoslávia foi restabelecida como uma federação após a guerra, e suas repúblicas constituintes foram autorizadas a adotar bandeiras. Montenegro usou seu tricolor, com uma estrela vermelha de contorno amarelo no centro, de dezembro de 1946 a 1993. A república permaneceu (com a Sérvia) na federação iugoslava depois que as outras repúblicas se separaram dela no início dos anos 1990; o país era conhecido como Sérvia e Montenegro em 2003-06.
Em 13 de julho de 2004, Montenegro adotou uma bandeira distintiva. Baseada em uma antiga bandeira real, a nova bandeira de Montenegro era vermelha com bordas amarelas. No centro, havia uma águia de duas cabeças amarela exibindo um escudo com um leão - as armas dinásticas da dinastia Njegoš, que já governou Montenegro. Em 2006, um referendo popular em Montenegro favoreceu sua secessão da federação, e a independência foi proclamada em 3 de junho; a bandeira de 2004 tornou-se a bandeira nacional de Montenegro naquele dia.
