No Dia das Nações Unidas, 24 de outubro de 1962, uma bandeira foi hasteada pela primeira vez para o Território Fiduciário das Ilhas do Pacífico (TTPI), que, sob a supervisão das Nações Unidas, estava sendo administrado pelos Estados Unidos. As cores dessa bandeira, azul claro e branco, foram baseadas nas cores da bandeira das Nações Unidas. Desenhado por Gonzalo Santos, a bandeira recebeu a aprovação final em 1965 com base em uma votação no Congresso Nacional da Micronésia.
As seis estrelas brancas na bandeira do Trust Territory correspondiam aos seis distritos do país - Palau, as Ilhas Marshall e as Ilhas Marianas do Norte (todas as quais mais tarde se tornaram estados separados), bem como Yap, Truk (agora Chuuk), e Ponape (agora Pohnpei). Os três últimos grupos de ilhas tornaram-se os Estados Federados da Micronésia em 1979, junto com o distrito adicional de Kusaie (agora Kosrae). A nova bandeira da Micronésia foi desenhada e aprovada por um congresso interino em 30 de novembro de 1978. Com base no desenho e simbolismo da bandeira anteriormente usada pelo Trust Territory, esta bandeira apresentou quatro estrelas brancas de cinco pontas para os quatro distritos (estados) , centralizado em um campo azul para o Oceano Pacífico. Um raio de cada estrela apontava para longe do centro da bandeira, como se organizado em um anel imaginário.A livre associação com os Estados Unidos foi alcançada em 3 de novembro de 1986, e posteriormente uma ligeira modificação na bandeira foi feita: o azul escuro foi substituído pelo “azul das Nações Unidas” da bandeira original da TTPI.
